Contro lo strapotere dei vescovi-conti (grandi signori della feudalità ecclesiastica) e contro l'alta aristocrazia iniziarono a insorgere esponenti della piccola nobiltà e della borghesia. Per rafforzare la loro influenza e opporsi al rigido sistema feudale, che imponeva vincoli al libero scambio delle merci e alla produzione agraria, si riunirono in corporazioni. Queste posizioni, verso il 1000, confluirono nel movimento per la riforma della Chiesa, originato dal desiderio di depurare il clero dalla corruzione e dalla sete di potere per riportarlo ai suoi soli compiti pastorali.

La lotta in seguito assunse una natura sempre più marcatamente politica. Si voleva affrancare il potere ecclesiastico dal controllo laico affermando, al contempo, il principio per cui il Papa dovesse essere il capo supremo, in posizione di supremazia rispetto a tutti i potenti della Terra, primo fra tutti l'Imperatore (è la Libertas Ecclesiae). Fu questa situazione a dare un impulso decisivo alla formazione dei primi Comuni. Ai vescovi (che governavano le città in nome dell'Impero) si sostituirono i consoli e le zone di loro influenza divennero indipendenti e autonome. Per quanto riguarda la nostra città i documenti che possano dar conto dell'esistenza di consoli non risalgono a prima del 1127.
Una parte della nobiltà sostenne quei vescovi che non accettarono la nuova situazione, dando origine a quelle lotte per il potere cittadino che caratterizzarono l'età dei comuni fin dal suo inizio. A tutto ciò si aggiunga poi la conflittualità tra città per il predominio regionale. Brescia, per esempio, guelfa, era alleata di Milano contro le ghibelline Bergamo e Cremona.

Celebre è la guerra tra Bergamo e Brescia, originata dalla lotta per il possesso dei castelli di Volpino, Ceretello e Qualino. Brescia ne uscì vincitrice nel 1156, dopo un cruento scontro nei pressi di Palosco. L'antagonista fu costretta a chiedere la pace, ma l'onta dei tanti morti e prigionieri di parte bergamasca rappresentarono a lungo un pesantissimo ostacolo ai rapporti tra le due.