Cessato il pericolo esterno si andò configurando uno scenario di guerra civile che vide opporsi il popolo alla nobiltà e i guelfi ai ghibellini; tutto il XIII secolo fu caratterizzato da queste lotte intestine.
L'epoca comunale era ormai in netta decadenza e questo portò ad una situazione di anarchia tale per cui il governo delle città veniva assunto con la forza dai principi o dai signori di turno.
Tebaldo Brusato, il capo della parte guelfa, affidò per calmare le acque il governo di Brescia a Berardo Maggi, un vescovo particolarmente gradito ad entrambe le fazioni. Nonostante un giuramento di pace le legasse, le rivalità ripresero presto e Tebaldo Brusato con tutti i suoi venne esiliato.
Morto Berardo nel 1308 Tebaldo riuscì a rientrare dall'esilio mentre la città veniva governata da un vicario imperiale appoggiato dai ghibellini. I guelfi si rivoltarono e conferirono il comando a Tebaldo ma questi fu raggiunto e catturato (1311) dalle forze dell'imperatore (Enrico VII di Lussemburgo) che avevano nel frattempo stretto d'assedio la città. L'eroe guelfo fu quindi messo a morte. I Bresciani, dopo qualche mese di una strenua resistenza, furono costretti ad arrendersi; i due anni successivi furono caratterizzati da una tremenda pestilenza che avvilì gli spiriti e i desideri libertari del popolo bresciano.

Successivamente la città conobbe un altro giogo, quello dei Visconti. A questi i Bresciani si ribellarono a causa della troppo pesante pressione fiscale esercitata da Filippo Maria Visconti e per potersi degnamente opporre al loro potere presero accordi con Venezia. Ad essa offrirono la città in cambio della protezione della serenissima. La battaglia di Maclodio del 12 ottobre del 1427 segnò la definitiva sconfitta dei milanesi che vennero qui battuti dal Carmagnola, famoso condottiero passato dalla parte di Milano a quella della Repubblica Veneta.