Coinvolto negli scontri tra Guelfi e Ghibellini, il paese fu sotto il dominio di Azzone Visconti nel 1326, di Pandolfo Malatesta nel 1406 e di Luigi XII di Francia nel 1509 e venne saccheggiato dai Lanzichenecchi nel 1528. Gli anni successivi furono, come per tutto il resto del territorio bresciano, anni di pace sotto la dominazione veneta, seguiti dall'occupazione francese e quindi austriaca.
Vestigia archeologiche e architettoniche documentano alcune delle vicissitudine storiche come le basi della fortificazione romana del I secolo a.C. sulle quali furono erette le torri del castello medievale che ancora si possono vedere nel centro storico. Accanto alla torre romana, nei secoli XII- XIII, venne edificata la pieve di Santa Maria, dedicata poi a San Giovanni Battista e ampliata nel XIV secolo. Tra le opere in essa presenti sono da menzionare una statua lignea di Cristo alla colonna ed una tela di Vincenzo Civerchio raffigurante Sant'Antonio e Sant'Orsola. Tra gli anni 1719 e 1737, su disegno di Antonio Corbellini, venne costruita la nuova parrocchiale Santa Maria Nascente, terminata solo nel 1759 e arricchita da numerose opere d'arte. L'elegante facciata è dovuta a Giovanni Donegani; il portale è opera di Bernardino Carboni. Lungo la bella strada pedemontana che collega Coccaglio a Cologne si trova la chiesetta di San Pietro, di origine medievale, con affreschi dei secoli XV e XVI.
La campagna che ancora contorna Coccaglio è ricca di antiche cascine e dimore signorili. E' un semplice palazzo al quale si accede tramite una scalinata con balaustra, con un curioso corpo centrale avanzato, formato da quattro colonne in pietra di Sarnico terminanti in un frontone, la secentesca Villa Calini già Duranti a Ingussano. In località Valenza si trova villa Maffei Lechi, elegante villa settecentesca con porticato ed in località Lumetti sorge il settecentesco Palazzo Chizzola ora Porro Schiaffinati.
Sulla strada verso Cologne, circondata da vigneti, si staglia una capricciosa costruzione, conosciuta come tenuta Castellino, fatta costruire da un nipote di Andrea Tonelli, carbonaro risorgimentale, nativo di Coccaglio, incarcerato dal 1822 al 1830 allo Spielberg.
Coccaglio è noto nel mondo della musica per aver dato i natali, nel 1553, a Luca Marenzio uno dei più noti madrigalisti del suo tempo che, attento al ritmo portò il madrigale ad essere composizione essenzialmente musicale senza essere schiava del testo. Musicista eccelso, fu celebrato in molte corti europee. Morì a Roma nel 1599. Una colonna sovrastata da una lira con l'iscrizione "il più dolce cigno d'Italia" è il monumento a lui dedicato nell'omonima piazza del paese.
Una ripida salita porta verso il Convento dell'Annunciata, che dalle pendici del Monte Orfano, ma in comune di Rovato, domina l'abitato e ne connota il profilo.
Oggi, il paese che sa ancora esprimere il senso di comunità attraverso numerose associazioni di volontariato e che conserva con la presenza del corpo bandistico e di cori una grande passione per la musica, è un attivissimo centro di imprenditoria industriale, il cui sviluppo venne favorito, a meta dell'ottocento, dai collegamenti ferroviari, ma le antiche origini agricole sono mantenute vive dall'attività delle cantine produttrici dei pregiati vini D.O.C di Franciacorta.